Przedsiębiorca jest obowiązany prowadzić i przechowywać książkę kontroli jak również upoważnienia i protokoły kontroli( art. 81 ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej Dz. U. Z 2010 r. nr 220, poz. 1447).
Ustawodawca nie sprecyzował jak długo należy przechowywać protokół z kontroli. Należy zastosować taki sam termin jaki obowiązuje w przypadku archiwizacji dokumentacji związanej z rozliczeniem z US. Protokoły kontroli należy przechowywać do czasu aż nie przedawni się podatek jakiego dotyczą. Jest to pięć lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Czasem bieg terminu przedawnienia zobąwiązania podatkowego nie rozpoczyna się, zostaje przerwany lub ulega zawieszeniu, w zwiąku z tym dokumentację podatkową należy dłużej przechowywać.
